您父亲农村土地使用证没有档案且有房产不给补的情况，可能会面临一些法律风险，以下为您举例说明。
1. 房产所有权确认不能的风险。如果一直无法补办土地使用证，且没有充分的证据证明您父亲对该房产的所有权，当遇到拆迁、征地或邻里宅基地纠纷时，您父亲可能无法以合法权利人的身份主张权益。例如，若该区域进行拆迁，拆迁方可能因没有土地使用证而拒绝与您父亲签订拆迁补偿协议，导致无法获得应有的拆迁补偿。
2. 继承纠纷风险。您母亲已经去世，未来该房产涉及继承问题时，由于土地使用证没有档案，可能会使其他潜在继承人（如您的兄弟姐妹等）对房产的归属产生争议。比如，其他继承人可能会以土地使用证未登记在您父亲名下为由，主张对房产的继承权，引发家庭内部的继承纠纷。
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在处理您父亲农村土地使用证没有档案且有房产不给补的问题时，有些错误操作可能会导致问题更难解决，需要特别注意。
1. 忽视证据收集直接信访：有些村民可能认为只要去信访部门反映就能解决问题，而忽视了对房产合法来源证据的收集。如果没有充分证据证明您父亲对该土地及房产的合法权利，信访部门也难以支持诉求，反而浪费时间和精力。
2. 未经允许擅自涂改或伪造证明材料：为了尽快补办土地使用证，个别村民可能会擅自涂改村委会证明或伪造相关材料。这种行为不仅无效，还可能因提供虚假材料面临法律责任，严重影响问题的解决。

如果您在证据收集或与部门沟通中遇到困难，或者担心采取的措施不当，建议及时向专业律师咨询，避免因错误操作导致权益受损。
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在处理您父亲农村土地使用证没有档案且有房产不给补的问题时，存在一些特殊情况或例外情形，会对处理结果造成影响。
1. 该土地属于农村集体建设用地中的特殊类型。如果该土地使用证对应的土地属于农村集体建设用地中的公益事业用地或公共设施用地，而非宅基地或经营性建设用地，那么即使您父亲在该土地上有房产，也可能因土地性质特殊，不符合补办个人土地使用证的条件，导致无法补办，只能通过其他方式确认房产使用权。
2. 当地正在进行土地确权政策调整。如果当地正处于农村土地确权的政策过渡期或调整期，对于历史遗留的土地使用证未建档问题，可能会有特殊的处理流程和时间安排。此时国土资源局可能会暂缓对个案的补办申请，要求等待统一的政策文件出台后再按新规处理，这会导致您父亲的补办申请处理时间延长，短期内无法得到解决。
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您关注的农村土地使用证没有档案不给补的问题，其法律依据主要围绕不动产登记相关规定。
根据《中华人民共和国物权法》（2007年10月1日实施）第十九条规定：“权利人、利害关系人认为不动产登记簿记载的事项错误的，可以申请更正登记。不动产登记簿记载的权利人书面同意更正或者有证据证明登记确有错误的，登记机构应当予以更正。”您父亲作为土地使用证上登记的权利人，当土地使用证没有档案时，属于不动产登记簿可能存在记载错误或缺失的情形。您父亲有权依据此条法律，以权利人的身份申请更正登记或要求登记机构（国土资源局）补充档案并补办土地使用证，只要能提供证据证明其对该土地及房产的合法权利，登记机构就应当履行相应的更正或补办义务。

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